وقد طلب رئيس الدولة من وزير العدل، خلال انعقاد اجتماع لجنة العفو الخاص، بقصر قرطاج، تقريرا عن الحماية الأمنية المتوفرة للموقوف مصطفى خضر داخل السجن و ما تم اتخاذه من احتياطات خاصة بعد المعطيات التي كشفت عنها هيئة الدفاع عن الشهيدين شكري بلعيد و محمد البراهمي.
ويشار إلى أنّ مصطفى خضر مودّع بالسجن المدني ببرج العامري وقد يتعرّض لمخاطر تهدد سلامته الجسدية ، وفق ما ورد بإذاعة موزاييك.
يذكر أن القيادي في حزب نداء تونس، برهان بسيس، دعا ، في تدوينة على صفحته الرسمية على "الفايسبوك" ، ضرورة توفير الحماية الجسدية لمصطفى خضر الذي صرّح له أنه يشعر بأن هناك إرادة لتصفيته جسديّا.