وقال الغنوشي أنّ الطريقة التي توفي محمد مرسي تبعث على الأسى معتبرا أنه رغم ذلك فالوجه الإيجابي أنّ "هنالك رجال من هذا الوزن، أستاذ جامعي معروف ضحى بنفسه وصبر وصابر من أجل أن تكون بلاده ديمقراطية وحرة وصمد على مبادئ الحق والعدل ورفض المساومات".

وتابع في تصريح على قناة الجزيرة أنّ محمد مرسي هو الحاكم العربي الوحيد في زمانه المنتخب ديمقراطيا، واستحق درجة الشهداء، مؤكدا أنّه تم آداء صلاة الغائب في أماكن عديدة من العالم منها تونس، كما تمت تلاوة الفاتحة على روحه بالبرلمان التونسي.