وأضافت الهيئة، في بيان لها، أنّ هذا القانون ينتهك بقوة مبدأ سيادة القانون بإقرار تعطيل قوانين جزائية نافذة بالبلاد ويرجع أمر تأويلها وتحديد نطاقها إلى لجنة محصنة القرارات في إقصاء تام للمجالس القضائية المخوّل لها وحدها النطق بأحكام القانون.
كما شدّدت الهيئة في بيانها على أنّ تمرير هذا القانون ليس إلاّ إصراراً على تبييض الفساد والالتفاف على مسار العدالة الانتقالية وانتكاسة في مسار الانتقال الديمقراطي، مُشيراً إلى أنّ هذا القانون لا يكرس الفصل بين السلط ولا يحترم السلط القضائية خاصة أن لجنة المصالحة تسيطر عليها السلطة التنفيذية مما يعني خضوعها الى المصالح السياسية للاطراف الحاكمة وهو ما يعتبر خرقا خطيرا للدستور.
ودعا مجلس الهيئة نوّاب الشعب إلى تدارك ما صدر عنهم من خطأ جسيم في حقوق الشعب ومكتسبات الثورة وذلك بالطعن في قانون المصالحة في المجال الاداري، مؤكّداً أنّه من حق كل منظمات المجتمع المدني التصدي لهذا القانون عبر كل الوسائل القانونية المتاحة.