وقد اِختلف محامو هيئة الدفاع عن شفيق جراية خلال إحالته أمام قاضي التحقيق العسكري بحالة إيقاف، حيث أنّ عائلة جراية منعت بعض المحامين من الدفاع عنه، مما اضطرّ عدد منهم إلى الانسحاب وسحب الإعلامات بالنيابة.
كما سجل خلاف حول الإطلاع على ملف الإحالة وموضوع الاتهام، إذ أنّ قاضي التحقيق عرض على فريق الدفاع الإطلاع بمكتبه على الأبحاث، دون تمكينهم من نسخة منه.