حيث اعتبرت بعض الأطراف أن محاكمته فترة المخلوع وإعدامه على خلفية ما يُعرف بتنفيذ تفجيرات عام 1987 يجعله في صفوف الإرهابيين وليس الشهداء.

وفي هذا الإطار أكّد رئيس المؤتمر العاشر لحركة النهضة علي العريّض أنّ الكل يعلم أن الاعترافات المتعلقة بـ "تفجيرات 1987" بسوسة والمنستير هي تصريحات مفبركة من نسج خيال النظام البائد الذي أراد وأد الإسلاميين بتهم ملفّقة.

وفي السياق ذاته أكّد القيادي بالحركة محمد بن سالم، في تصريح إعلامي، أنّ بودقة أعدِم زورا وبهتانا في محاكمة وصفها بـ "غير العادلة" والكل يعلم ملابساتها والهدف منها والمتمثل في خلافة بن علي (العقل المدبر) لبورقيبة.

واستدلّ بن سالم بشهادة طبيب بورقيبة الخاص "عمر الشاذلي" الذي أقرّ فيها أن محرز بودقة كان مظلوما والمتسبب في تلك التفجيرات هو المخلوع بن علي.