ويتعلّق الأول بكشف الحقيقة عما تعرّض له حزب المؤتمر من أجل الجمهورية من منعه من النشاط السياسي من 2001 إلى سقوط الدكتاتورية وما تعرض له مناضلوه من خرق لحقوقهم المدنية والسياسية .
أما الملف الثاني فيتعلّق بما تعرضت له الرابطة التونسية لحقوق الإنسان من قمع وحلّ ومنع عن النشاط خاصة في الفترة التي كان الدكتور المرزوقي رئيسها أي من سنة 1989 إلى سنة 1994 .
وقد صرّح المنصف المرزوقي أنه لا يُقدّم أي ملف بطلب تعويض شخصي وإنما ما يريده ألا تضيع ذاكرة نضالات هاتين المؤسستين .
