إن شركة الخطوط التونسية هي منشأة عمومية تحت إشراف وزارة النقل واللوجستيك وهي شركة خفية الإسم ، تملك الدولة التونسية اكثر من 50٪ من رأسمالها، وتخضع فيما يتعلق بالتيسير والتصرف وتعيين أعضاء مجلس الإدارة إلى احكام القانون عدد 9 لسنة 1989 المتعلق بالمساهمات والمؤسسات والمنشآت العمومية وإلى مجلة الشركات التجارية.

وعملا بالأحكام المذكورة، فإن رئيس مدير عام شركة الخطوط التونسية هو رئيس مجلس إدارتها، يتم انتخابه من بين أعضاء مجلس الإدارة ويكون عادة ممثلا لأكبر المساهمين، وذلك خلافا لبعض أصناف المنشآت العمومية التي تقتضي النصوص المتعلقة بضبط تنظيمها الإداري والمالي تعيين مديرها العام بمقتضى أمر حكومي.

 يتم اختيار المتصرفين ممثلي الدولة بمجلس إدارة شركة الخطوط التونسية بقرار من وزير الإشراف القطاعي باقتراح من الوزراء المعنيين بتمثيل الدولة بالمجلس كما يضبطه القانون الأساسي للشركة.

وتجدر الإشارة إلى أنه في إطار حوكمة تسيير المنشأة، فقد تقرر الفصل بين مهام رئيس مجلس الإدارة ومهام المدير العام.

 وفي انتظار سد الشغور في مستوى رئاسة مجلس الإدارة والادارة العامة لشركة الخطوط التونسية، فقد تم تكليف المتصرف ممثل وزارة النقل واللوجستيك بمجلس الإدارة ظرفيا بمهام متصرف مفوض، وذلك عملا بأحكام مجلة الشركات التجارية. وبعد موافقة رئاسة الحكومة على المقترح.