ودفن جثمان محمّد مرسي في الخامسة صباحا بالتوقيت المحلي المصري، بأحد مقابر شرقي العاصمة القاهرة، بعد أقل من 24 ساعة على وفاته، بحضور أسرته وتواجد أمني.
وبعد ساعات من دفنه سرا بمصر، دون حضور لأنصاره، مع التواجد الأمني، شارك الآلاف في صلوات غائب على روحه لاسيما في تركيا، والمسجد الأقصي، وباكستان، وقطر، وسط دعوات لإقامتها في لبنان، والأردن.
وبينما يُصلـى على روحه في أغلب دول العالم، أصدرت وزارة الأوقاف المصرية تعميمًا لأئمة جميع مساجد الجمهورية، بمنع أي محاولة لصلاة الغائب على روح الرئيس محمد مرسي.
ونبهت مديريات الأوقاف على الأئمة بالتواجد بالمساجد في جميع الأوقات وعدم السماح بصلاة الغائب على الرئيس محمد مرسي وإغلاق المساجد عقب الصلاة مباشرة.